微生物的保存方法很多，根據不同的微生物菌（毒）株或不同的實驗要求，可選用不同的保存方法，其中常見的有斜面保存法，穿刺保存法、液體石蠟保藏法、沙土管保存法、冷凍保存法、真空冷凍干燥保存法。其中真空冷凍干燥保存法方便復活、保存期長，運輸和保存方便，活菌率高。

冷凍干燥是將菌體懸浮液冷凍到冰點以下，從而轉變為固體結晶態，然后在低溫低壓(真空)下使固體升華而脫水的干燥方法。一般干燥處理過程會破壞微生物的細胞膜，引起細胞的大量死亡，因此需要添加保護劑，能夠使菌液密度均一，減少活菌在凍干過程中的機械效應和溶質效應帶來的死亡。因此，在凍干前加入的保護劑配方就成為了至關重要的決定性因素，它既會影響到儲存期細胞的活性以及穩定性，也會影響到復水時細胞存活率。

     凍干法是長期保存細菌、酵母、真菌、病毒和立克次氏體的標準方法（在凍干前一般要加冷凍保護劑，這樣可使細胞免除在冷凍初期因形成冰晶而造成的損害。ATCC 常規用10％脫脂奶或12％蔗糖作為冷凍保護劑，而美國農業部（USDA）的農業研究服務機構的實驗人員用?；蝰R血清作為微生物的冷凍保護劑（。在菌液中加入甘油和二甲亞砜（DMSO）也可防止冷凍中微生物的死亡，但實際操作中應根據不同微生物決定應用或不用保護劑。
    真空冷凍干燥法保存菌種的步驟主要包括：

1、微生物培養，培養獲得健壯的菌種擴培液體。培養時根據菌種選擇不同的培養基。培養到對數期獲得大量健壯的菌種，保證菌體濃度，一般達到10⁹的濃度.

2、離心收集菌體。通過離心法從液體培養基中獲得菌體。如果是固體培養基可以直接收集菌落，用保護劑溶解混勻。

3、將菌體、脫脂奶粉、海藻糖、蔗糖等保護劑在無菌水中混勻得到含有保護劑的菌體混懸液。

4、分裝。將菌體混懸液在無菌環境中分裝到無菌容器中，可以是安瓿瓶、西林瓶、EP、培養皿等。

5、預凍，預凍是非常關鍵的。預凍不好，菌體會死亡。要快速預凍，防止產生大冰晶造成細胞死亡。預凍要凍結實，保證預凍充分。

6、將預凍好的菌體，放入真空冷凍干燥設備中進行凍干。如果是設備帶預凍功能，也可以直接在凍干機上進行預凍。真空冷凍干燥時間和凍干曲線的 設計要根據菌種的不同和菌體混懸液的濃度等進行設計。凍干好后真空密封保存。

   微生物凍干法采用的凍干設備可以有多種選擇，從實驗室凍干機到研發型凍干機都可以適用。如以下系列凍干機都可以用來凍干保存微生物。